Mellom de høye toppene og fjorden finner vi mange ulike økosystemer, hvert av dem med sitt fugle- og dyreliv. Den isdekte kappen på breen, skyggefulle dalfører og lune viker ved fjorden stiller ulike krav til skapningene som bor der. Når du vandrer fra habitat til habitat vil du se variasjon i både flora og fauna.
Det er en spesiell opplevelse å se rovfuglene på nært hold når de jakter på et bytte, eller svever i vinden. Dersom du er heldig, kan du få oppleve dette i Lyngsalpan. Området har en variert rovfuglbestand og alle de ni dagrovfuglene, som er vanlig i fylket, er påvist hekkende i området. Fjellvåk og tårnfalk er de rovfuglene som det er størst sjanse for å treffe på, men dersom du er heldig kan du også få se blant annet kongeørn, havørn, jaktfalk, vandrefalk, dvergfalk, spurvehauk og hønsehauk. Alle de åtte ugleartene i fylket er også observert; Jordugle, snøugle, haukugle, peleugle, lappugle, spurveugle, hornugle og hubro. Rovfuglene kan være sårbare for forstyrrelser, særlig på senvinteren/tidlig våren da de har tidlig hekking. Du bør derfor alltid vise hensyn. Ta med kikkerten så ser du godt på avstand!
På høyfjellet er det et mer begrenset utvalg av arter, og du ser stort sett bare fjellrype, ravn og snøspurv. Når du kommer ned i dalene og lavlandet, øker antall arter betraktelig. I lavlandet finnes det mange spurvefugler, vadere, andefugler og andre. Det er særlig i våtmarksområdene som ligger like innenfor vernegrensen, eller i randsonen til verneområdet, at det er størst artssammensetning.
Fjellvåk. Foto: Trond V. Johnsen
Jaktfalk hunn. Foto: Trond V. Johnsen
Av ville pattedyrarter finnes hare, rødrev, røyskatt og snømus. Det finnes også streifdyr av jerv, og det ser ut til at gaupa har etablert seg på halvøya. Elgen finnes over det meste av halvøya. Ekorn og mår er også etablert i området. Ved sjøen og i vassdragene finnes villmink og oter. Det finnes også noen rådyr i umiddelbar nærhet til området. I tillegg til disse artene finnes det en god del smågnagere uten at det finnes noen oversikt over artssammensetningen.
Av amfibier finnes vanlig frosk, og det er ikke utenkelig at det også finnes firfirsle.
Det finnes en rekke mindre og mellomstore ferskvann på Lyngenhalvøya, med Jægervatnet som det klart største. Beliggenheten spenner fra omtrent havnivå til nesten 800 meter over havet. De høyereliggende vannene er i stor grad brepåvirket og har lite siktedyp og lav produksjon. Det meste av fisken som finnes i de høyereliggende vannene er satt ut av mennesker. Røye er den dominerende arten i vassdragene. I noen av vassdragene finnes også ørret, mens trepigget stingsild finnes i de fleste lavereliggende vann. Jægervatnet (som grenser til landskapsvernområdet) har i tillegg også bestander av laks, sjørøye, sjøørett, ål og sandskrubbe.